Państwowy uniwersytet z siedzibą w Toruniu (miasteczko uniwersyteckie znajduje się w Toruniu na Bielanach) oraz oddziałem Collegium Medicum w Bydgoszczy (dawna Akademia Medyczna w Bydgoszczy). Oprócz Torunia i Bydgoszczy UMK prowadzi także działalność w Grudziądzu.
Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu jest najstarszą i największą uczelnią w regionie. Obecnie istnieją 64 kierunki w Toruniu, oraz 10 kierunków w Collegium Medicum w Bydgoszczy. Od roku akademickiego 2009/2010 ta liczba się zwiększy o 5 nowych kierunków.